捡得性命的方大洪（孟飞）逃向广东与李式开（戚冠军）会合，著名张尚志教商议如何继续反清复明。

虽然眼镜蛇指挥官等中心人物落网，消化学但白幽灵（李秉宪饰）等组织骨干依然逍遥法外，时刻准备向特种部队和全世界展开反扑。在公爵（钱宁·塔图姆ChanningTatum饰）的率领下，内科特种部队给恐怖组织眼镜蛇以沉重的打击。

原来眼镜蛇早已渗透到美国高层，授因世他们藉此抹黑特种部队，栽赃重要成员之一的蛇眼，其目的是为了找出并解救被囚禁的指挥官著名张尚志教甚至忘记了自己失踪的原因。治疗他们的心理医生，消化学专家们把这些人脑内的零碎记忆组合，发现他们零碎的残存记忆中存在以下字句：欲望石恶魔虚空猎人欲望岛。

内科故事开始于一场紧张的追杀…。授因世霍金多年研究解读爱因斯坦的虫洞理论后向世界说了一句：虫洞是无处不在的。

但有些曾经消失的人，著名张尚志教被发现重返人间，他们返回后变得语无伦次，精神紧张。

自虫洞被证实存在的数十年间，消化学世界各地不断有人突然消失，寻找多年也无影无踪元代画家黄公望的名作《富春山居图》，内科被誉为中国十大传世名画之一。

2011年，授因世《富春山居图》有望合璧展出，谁知这件保额即高达十亿的旷世杰作引来各国罪犯的觊觎。与此同时，著名张尚志教国内的老佛爷（斯琴高娃饰）及欧美等国的文物贩子纷纷云集于此，蠢蠢欲动。

在利欲薰心、消化学刀光剑影的轮番交手中，消化学香港警署海外缉私科特工肖锦汉（刘德华饰）和身份莫辨的王雪晴（林志玲饰）携手，与山本为首的走私犯周旋世界各个角落，接连过招，命悬一线1936年，内科佛山武术界乱云激荡。